• Info Classification du vivant

    Page créée début janvier 2022, révisée et complétée le 14 août 2023

    Classification du monde vivant

    La hiérarchie du vivant

    L'espèce est le dernier échelon de la hiérarchie du vivant

    Dans les sciences du vivant, la classification scientifique des espèces (également nommée "classification biologique") correspond autant à la systématique, qui est la méthode ou ensemble de méthodes pour classer le vivant, qu'à la taxinomie, qui est la classification elle-même, résultante de l'application de la méthode. Les méthodes de la classification classique ont été dominantes jusqu'à la seconde moitié du XXe siècle, marquée par l'apparition, en 1950 *, de la systématique phylogénétique (classification phylogénétique ou encore cladistique). (Wikipédia)

    Un clade (du grec ancien κλάδος/kládos "branche") aussi appelé "groupe monophylétique", est un groupe d'organismes, vivants ou ayant vécu, comprenant un organisme particulier et la totalité de ses descendants. (Wikipédia)

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    * (de) Willi Hennig "Grundzüge einer Theorie der phylogenetischen Systematik"
    Deutscher Zentralverlag, Berlin 1950

     

    La terminologie

    La terminologie est une discipline qui a pour objet l'étude théorique des dénominations des objets ou des concepts utilisés par tel ou tel domaine du savoir, le fonctionnement dans la langue des unités terminologiques, ainsi que les problèmes de traduction, de classement et de documentation qui se posent à leur sujet (Larousse en ligne).

    On appelle également "terminologie" l'ensemble des termes, rigoureusement définis, qui sont spécifiques d'une science, d'une technique, d'un domaine particulier de l'activité humaine.

    (Wikipédia)

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    Voir Système de référence en anatomie (Anatomies)

    La diagnose

    Une diagnose, en biologie, est une description scientifique, concise, permettant d'isoler un taxon (espèce, genre, famille, etc.), actuellement présent sur terre, ou connu par ses fossiles. La diagnose est un élément du protologue et est généralement associée à des types. (En pétrographie, cette description correspond également à observer des critères ou caractères diagnostiques pour distinguer une roche d'une autre). Elle ne doit pas être confondue avec le diagnostic médical qui fait lui aussi appel à des critères diagnostiques appelés symptômes.

    La diagnose en botanique a longtemps été écrite en latin. En biologie, on a tendance à fonder la diagnose sur des critères d'identification, qui ne prennent de la valeur que si tous (une majorité) sont valides. Ces critères peuvent être discriminant entre plusieurs taxons, ou bien uniquement descriptif pour un taxon à identifier. (Wikipédia)

     

    En botanique, pour les angiospermes, les classifications les plus généralement admises sont

    pour la classification classique, la classification classique de Cronquist (1981)

    pour la classification phylogénétique, la classification phylogénétique APG (1998) et particulièrement la dernière mise à jour, APG IV (2016)

     

    La classification classique

    En sciences naturelles, la classification classique est un paradigme où les espèces vivantes sont classées selon les ressemblances les plus visibles entre elles. Elle s'est développée en intégrant le système de nomenclature proposé à partir de 1735 par Linné. Les espèces reçoivent un nom latinisé, constitué de deux termes (nomenclature binominale1) et sont hiérarchisées en genres, familles, ordres, classes, embranchements (en mycologie, on préfère parler de divisions) et règnes.

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    1. Un "binôme", dans la nomenclature des êtres vivants, est l'ensemble de deux mots latins, le premier désignant le genre (nom générique), le second l'espèce (nom spécifique). Du latin médiéval binomium "quantité algébrique à deux termes", le sens premier du mot est, en mathématiques : "quantité algébrique composée seulement de deux termes unis entre eux par les signes plus (+) ou moins (-)". Voir Wiktionnaire

    En botanique, la règle est d’utiliser toujours deux mots. Le nom de genre et son adjectif. Cette convention date de 1753 et a été inventée par Charles Linné, un botaniste suédois. En fait, toutes les espèces vivantes et même fossiles ont un nom latin qui suit exactement le même système, par exemple nous sommes Homo sapiens et vous connaissez très certainement un dinosaure qui s’appelle Tyrannosaurus rex.
    Il y aussi des règles pour écrire le nom latin correctement. Le nom de genre prend toujours une Majuscule, quant à l’adjectif lui, il prend toujours une minuscule. Une seconde règle est qu’il faut toujours écrire ces noms en italiques.

    La classification de Cronquist

    La classification de Cronquist (1981) est une classification classique des angiospermes. Elle est peut-être la dernière version des classifications majeures basées essentiellement sur des critères morphologiques, anatomiques et chimiques, et qui donc ignore les critères de la classification phylogénétique. Elle est encore plus ou moins utilisée dans certains ouvrages et bases de données.

     

    La classification phylogénétique

    La classification précédente est appelée "classique" par opposition à la classification phylogénétique, formalisée en 1950 et principalement fondée sur la cladistique, une méthode de reconstruction phylogénétique qui a remplacé en grande partie la classification traditionnelle dans la plupart des milieux scientifiques et universitaires. (Wikipédia)

    La classification APG (1998) ou phylogénétique est une classification botanique des angiospermes établie selon les travaux de l'Angiosperm Phylogeny Group (APG). Elle est la première classification publiée par ce groupe, en 1998, les suivantes étant APG II (2003), puis APG III (2009) et sa révision APG IV (2016). (Wikipédia)

     

    Les sept rangs principaux de la classification hiérarchique

    Les rangs taxonomiques2 (ou taxonomique) utilisés en systématique pour la classification hiérarchique du monde vivant sont présentés dans le tableau ci-dessous, par ordre décroissant.

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    2. En botanique le nom scientifique d'un taxon est toujours écrit en italique (en zoologie seulement le genre et les taxons de rang inférieur)

    En gras les sept rangs principaux (RECOFGE, sigle mnémotechnique pour Règne/Embranchement/Classe/Ordre/Famille/Genre/Espèce), en maigre les rangs secondaires. En romain les noms vulgaires, en italique les noms scientifiques3.

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    3. Nous nous concentrons ici plus particulièrement sur le végétal, les champignons et les algues. Pour plus de détails, voir dans Wikipédia. Voir aussi Lexique Latin botanique.

    Super-règne, Empire, Domaine (Superregnum, Imperium, Dominium)

    Domaine ou EmpireProcaryote / Eucaryote

    1. Règne (Regnum)

    Règne : Procaryote : Bactéries (Bacteria) et Archées (Archaea)

    Eucaryote : Plantes (Plantae) Algues (Algae) Champignons (Fungi) Animaux (dans les classifications scientifiques modernes, le taxon des animaux se nomme Animalia)

    Règne animal. Les Animaux (du latin animalis "animé, vivant, animal") sont en biologie, selon la classification classique, des êtres vivants hétérotrophes (c’est-à-dire qui se nourrissent de substances organiques) et possédant du collagène dans leurs matrices extracellulaires. On réserve aujourd'hui le terme "animal" à des êtres complexes et multicellulaires, bien qu’on ait longtemps considéré les protozoaires comme des animaux unicellulaires. Comme les autres êtres vivants, tout animal a des semblables avec qui il forme un groupe homogène, appelé espèce.

    Sous-règne

    Rameau (Ramus, "branch" en anglais)

    Infra-règne

    Super-embranchement, Super-division

    2. Embranchement, Division (Phylum, Divisio)

    Un embranchement en zoologie, ou division en botanique, est traditionnellement caractérisé par une description schématique appelée "plan d'organisation".

    Suffixes du rang taxinomique3 des plantes (Plantae) et algues (Algae) –phyta

    champignons (Fungi) –mycota

    Sous-embranchement, Sous-division (Subphylum, Subdivisio)

    Suffixes du rang taxinomique3 des plantes et algues –phytina

    champignons –mycotina

    Infra-embranchement (Infraphylum)

    Micro-embranchement (Microphylum)

    Super-classe (Superclassis)

    3. Classe (Classis)

    En biologie, la classe est le troisième niveau de la classification classique (c.-à-d. n’utilisant pas la notion de distance génétique) des espèces vivantes. Par exemple, selon la classification des biologistes Ruggiero et al. (2015), les 7 règnes du vivant sont constitués de 352 classes.

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    CF. [en] Michael A. Ruggiero, Dennis P. Gordon, Thomas M. Orrell, Nicolas Bailly, Thierry Bourgoin, Richard C. Brusca, Thomas Cavalier-Smith, Michael D. Guiry et Paul M. Kirk "A Higher Level Classification of All Living Organisms" PLoS ONE, vol.10 no4,‎ 29 avril 2015 et correction.

    Suffixes du rang taxinomique3 des plantes –opsida et algues phyceae

    champignons –mycetes

    Sous-classe

    Suffixes du rang taxinomique3 des plantes –idae et algues phycidae

    champignons –mycetidae

    Infra-classe

    Super-ordre (Superordo)

    Suffixe du rang taxinomique3 des plantes et algues –anae (à vérifier)

    4. Ordre (Ordo)

    Suffixe du rang taxinomique3 tous les règnes sauf animaux –ales

    Sous-ordre (Subordo)

    Suffixe du rang taxinomique3 tous les règnes sauf animaux –ineae

    Infra-ordre (Infraordo)

    Suffixe du rang taxinomique3 des plantes et algues –aria (à vérifier)

    Micro-ordre (Microordo)

    Super-famille

    Suffixe du rang taxinomique3 des plantes et algues –acea

    5. Famille (Familia)

    En biologie, la famille est un taxon qui regroupe les genres qui présentent le plus de similitudes entre eux. Elle constitue le cinquième niveau de la classification classique (c'est-à-dire n'utilisant pas la notion de distance génétique) des espèces vivantes.

    Suffixe du rang taxinomique3 tous les règnes sauf animaux –aceae

    Sous-famille

    En biologie, une sous-famille est un niveau intermédiaire, immédiatement inférieur à la catégorie famille de la classification classique des êtres vivants.

    Suffixe du rang taxinomique3 tous les règnes sauf animaux –oideae

    Tribu (Tribus)

    Dans la systématique classique ("linnéenne") des êtres vivants, la tribu est un rang taxonomique de niveau inférieur à la famille et supérieur au genre. En cas de besoin il peut être créé un rang intermédiaire avec la famille (sous-famille) et avec le genre (sous-tribu).

    Suffixes du rang taxinomique3 des plantes et algues + champignons –eae, ae

    Sous-tribu

    6. Genre (Genus)

    En systématique, le genre est un rang taxinomique qui regroupe un ensemble d'espèces ayant en commun plusieurs caractères similaires. Le genre est le sixième rang principal de la systématique classique des espèces vivantes. On estime qu'environ 290 000 genres sont utilisés dans le règne animal (dont près de 10% de papillons)

    Suffixes du rang taxinomique tous les règnes -us, -a, -um, -is, -os, -ina, -ium, -ides, -ella, -ula, -aster, -cola, -ensis, -oides, -opsis

    Genre type. En biologie, et plus particulièrement en zoologie, on appelle genre type le genre qui a été utilisé pour définir une famille et qui lui a fourni le radical de son nom. (Wikipédia)

    Sous-genre

    Section (Sectio)

    Sous-section

    7. Espèce (Species)

    Dans les sciences du vivant (biologie), lespèce (du latin species4, "type" ou "apparence") est le taxon de base de la systématique. Il existe 22 concepts d'espèce (espèce biologique, morphologique, écologique, comportementale…) dans la littérature scientifique.

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    4. Au moyen-âge, le poivre, importé d’Extrême-Orient, valait son poids en or. Il était devenu une pseudo-monnaie en Europe. Il était courant d’évaluer la fortune d’un seigneur en kilos de poivre. D’ailleurs les espèces avec lesquelles nous payons et les épices ont la même racine latine, species.
    (Vu dans Une simple convention)

    Sous-espèce (subspecies) - dernier rang zoologique "officiel" *

    Variété (varietas) - "race" étant un rang zoologique "informel" *

    Dans la classification des végétaux, la variété est le rang situé sous l’espèce.

    En botanique, en mycologie et dans toutes les disciplines qui font appel à la systématique, la variété est un rang taxonomique de niveau inférieur au rang d'espèce ("infraspécifique")

    Sous-variété (subvarietas) - "sous-race" étant un rang zoologique "informel" *

    * Les taxons aux rangs de race et de sous-race (animaux domestiques principalement) n'ont pas de nom scientifique. Ils ne sont pas régis par le Code international de nomenclature zoologique (CINZ).

    Forme (forma) dernier rang en mycologie

    Sous-forme (subforma)

     

    Liste d'abréviations botaniques

    Le nom scientifique comporte deux mots en latin qui désignent : le premier, le genre et le deuxième, l’espèce. La langue latine est obligatoire pour les genres, espèces, variétés, subdivisons de genres, d’espèces et de variétés de plantes spontanées et pour les noms spécifiques des hybrides. Elle est interdite pour les cultivars obtenus après le 1er janvier 1959 des plantes cultivées, hybrides ou non.

    Rappelons qu'un "binôme", dans la nomenclature des êtres vivants, est l'ensemble de 2 mots latins, le premier désignant le genre (nom générique), le second l'espèce (nom spécifique). En botanique, la règle est d’utiliser toujours deux mots. Le nom de genre et son adjectif.  Le nom de genre prend toujours une Majuscule, quant à l’adjectif, il prend toujours une minuscule. Une seconde règle est qu’il faut toujours écrire ces noms en italiques

    cv : “cultivar”. Contraction de "cultivée" et "variété", soit "variété horticole" obtenue en culture par l’homme qui bien souvent porte le nom de la personne à qui l’obtenteur a dédié sa variété. Son nom s’écrit entre guillemets simples (‘) en minuscule romaine, avec l’(les) initiale(s) en majuscule. Ex. : Aster novii belgii ‘Marie Ballard’.

    Parfois, quand les origines ne sont pas certaines, un nom de cultivar peut suivre directement un nom de genre. Ex : Rosa ‘Complicata’.

    f. ou fo. : en botanique et en mycologie la “forme” (du latin forma) est une entité ou taxon de rang inférieur à l’espèce et à la variété. (Voir Wikipédia)

    L. : “Linné” (par exemple). L’espèce est souvent suivie du nom en abrégé de l’auteur qui l’a dénommée pour la première fois. Remarque : L. - Carl von Linné (1707-1778) - C'est, à titre d'hommage, la seule abréviation d'une seule lettre. (Wikipédia)

    Voir Liste des abréviations d'auteur en taxinomie végétale (Wikipédia)

    sp. : “espèce”

    spp. (du latin species plurimae) pour désigner plusieurs espèces non identifiées ou non encore décrites au sein d'un genre. (Voir Wikipédia)

    ssp. ou subsp. (au pluriel sspp.) : “sous-espèce”

    subg., subgen.sous-genre” (subgenus)

    var : “variété”. Dans la nature, les végétaux présentent des variations - port, couleur, panachure, etc. - par suite des réactions aux conditions du milieu. Lorsque la variation est permanente, elle donne naissance à une variété de l’espèce. Son nom est souvent précédé de “var”. Ex. : Acacia logifolia var sophorae.

    x pour “hybride”. Plante issue du croisement de deux végétaux génétiquement différents, le plus souvent entre espèces d’un même genre. Son nom est précédé d’un x. Exemple : Camellia x williamsii est un hybride de C. saluenensis et C. japonica .

    Dans le langage courant “variété” et “cultivar” sont souvent confondus. Ces caractéristiques pouvant être combinées, on peut avoir un cultivar issu d’un hybride. Ex. : Spiraea x bumalda ‘Anthony Waterer’.

    Enfin, notons qu'en latin

    les adjectifs se déclinent en us, a ou um en fonction du genre du nom auquel ils se rapportent : Geum coccineum, mais Stachys coccinea

    les terminaisons en double i correspondent à un complément de nom ou génitif. Exemple : Berberis darwinii.

    Source Arrosoirs et Sécateurs [archive]

    À consulter

    Animaux

    Divers

    ??? !

     

    Documentation

     

    Le Carbonifère houiller du Nord et sa flore fossile

    [https://www.youtube.com/watch?v=aFP6JQQdzIM] 18/08/2023

    "Bienvenue dans le Carbonifère1 houiller2 du Pas-de-Calais, où les grès et pélites charbonneuses dévoilent de fantastiques plantes fossiles ayant vécus 315 millions d'années avant notre ère. Au programme : fougère arborescente Pecopteris, ptéridospermes (seed fern) médullosales arborescentes (Alethopteris) et lianescentes (Mariopteris), écorces de Lycopodes géantes (Lépidophytes) : Lepidodendron et Sigillaria, Calamites et interactions plantes-arthropodes. À travers le prisme des roches fossilifères du terril d'Avion, je vous propose de découvrir ce qu'était l'écosystème tropicale humide et marécageux qui perdurait au Paléozoïque supérieur." – Alexis Rastier

    Notes

    Xérophyte : a qualifié des plantes adaptées aux milieux secs. De nos jours ce terme définit plutôt une plante vivant en milieu aride, capable de résister à de grands déficits d’eau.

    1. Système du paléozoïque supérieur, le carbonifère est la période de l'ère primaire, de – 359 à – 299 millions d'années (durée 65 millions d'années), entre le dévonien et le permien. Cette période est caractérisée par la présence des premiers grands arbres en abondance – larousse.fr

    2. Pour le découpage du temps, plutôt que la charte stratigraphique internationale, on utilise la chronostratigraphie de Heerlen, qui parle du Namurien (de 325 à 315 Ma), du Westphalien (de 315 à 307 Ma) et du Stéphanien (de 307 à 300 Ma), trois périodes regroupées sous le nom de Houiller – PDF sans la vidéo : Le Carbonifère

    [https://www.youtube.com/watch?v=u2dcS68pcM4] 02/03/2019

    Voir Chrononyme – Petit âge glaciaire

     

    Géopolitique des plantes (podcast Conflits 28/08/2023)

    Qu'elles viennent d'Asie, d'Europe ou d'Amériques, les plantes n'ont cessé de voyager au gré des échanges et des évolutions de la botanique. Canne à sucre, vigne, tomate, café, leur histoire raconte celle de l'humanité et des efforts agronomiques menés pour vaincre les famines et nourrir l'humanité.

    Voir

    Ratatouille provençale

    Un vignoble à Tahiti

    Le voyage des plantes (Conflits 29/09/2023) [PDF]

    Depuis des siècles, témoins des évolutions du temps, les légumes, les fruits et les fleurs ont vu du pays...

    Voir une capture d'image d'illustration

     

     

     

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